朱翊钧让李时珍进京，其实是相中了他所创造的人为分类方法，这是一种按照实用与形态等相似的生物和矿物，将其归之于各类，并按层次逐级分类的科学方法。
在朱翊钧看来，李时珍能和祖冲之并列，在世界科学史上享有崇高地位，根本不足为奇。本草纲目虽然谬误不少，但其科学分类方法比西方现代植物分类学创始人林奈的自然系统早了一个半世纪，被誉为“东方医药巨典”。对世界医药学、植物学、动物学、矿物学、化学的发展产生的深远的影响，可谓无远弗届。
后世的生物学学生，将界、门、纲、类、科、属、种七种分类背的滚管烂熟，觉得天下万物井井有条，想当然的就认为此种分类方法很简单。
殊不知在人类文明史上，分类学正是科学的萌芽之始。中国人之所以将科学命名为“科学”，即取意“反映自然、社会、思维等的客观规律的分科之学”。一句话，无分科无以成学
华夏先民最早的生物分类记载于西周，比西方科学家林内的生物分类方法少了两种，却领先两千年。
之后的献之中，而最为璀璨的，即为本草纲目。无论其中记载了多少谬误，仅在生物、矿物分类学上的思想，足以光耀千古。
朱翊钧在后世党校的学习内容，不仅是简单的飞梭和珍妮机诱发工业革命之类的初中历史。
他记得很清楚，一次在党校上课时，一个年轻的女教师旁征博引，讲述了欧洲贵族和部分附庸风雅的资产阶级，在地质、矿物、生物乃至昆虫等方面的爱好研究，大大促进了新的地理发现，并为现代科学奠基。
后世工业革命和启蒙思想催发的第一批成果，即为欧洲有闲阶级流行的科学考察和探险。
他们一方面资助数学家和科学家，一方面自己也从事地质、矿物、生物等方面的粗浅研究，这直接诱导了化学和物理学的大踏步前进。而最开始的那批有钱人，都是从看似简单的地质、矿物和生物分类开始做起。
后世达尔文曾受益于本草纲目，将之称为“中国古代百科全书”。而后世的某些中国人，那些拿着大英帝国百科全书、美国国家地理杂志放在书房内的附庸风雅之徒，何曾有一个在旁边放着墨经、本草纲目、考工记、水经注、梦溪笔谈、天工开物等等数之不尽的中华瑰宝
朱翊钧让李时珍返京，除了要利用这个时代为数不多具有科学素养的大脑之外，还要利用他喜欢考证、钻研的性格 从事对牛痘的研究。
明代嘉靖初年之后 天花在帝国广泛流行。朱翊钧在万历二年初曾经接奏报，宁国府有医名傅思川者 掌握“人痘熟苗”之法 以为小儿种痘获利，“百余小儿种痘 仅一、二不存。”
朱翊钧不知道的是，从傅思川手中流传出去的人痘术 简直是以光速传播到阿拉伯世界 又把西方从天花肆虐中给挽救了出来。
人痘曾经被大哲学家伏尔泰这般评价：“我听说一百年来，中国人一直就有种痘的习惯；这是被认为全世界最聪明、最讲礼貌的一个民族的伟大先例和榜样。”在西方思想启蒙发生之时，若没有傅思川的人痘术，不知多少人才将死于天花病毒。
这奏报提醒了朱翊钧 必须将牛痘在帝国的普及提上日程。他知道天花是人类消灭的唯一一个传染病 也知道其疫苗来源于牛痘，但他不知道，直接用牛痘中的脓液来种痘，是否可行。
于是他将傅思川从宁国府召入京师，指导一番后 令其研究牛痘。但傅思川的人痘之法来源于其祖上，自己并无科研能力 用摆弄人痘的方法来从事牛痘的藏苗和贮苗，无一成功。
此时 朱翊钧又想起了李时珍，即下令锦衣卫湖广局寻找他 并让他进京但因为湖广局开始时没跟李时珍说清楚 到了八月底李时珍才进京接了这个任务。
比李时珍提前进京的 还有“医圣”万全万密斋、精通外科的陈实功等多名此时已经名显当世的医学大家。
万全虽此时已经年逾古稀，但在皇帝谕旨召唤之下，还是将包括内科要诀、幼科发挥、育婴秘诀在内的万密斋医书十种包在行李内，和六个徒弟一起带到了京城。
因为名显天下，万密斋一进京，满京城轰动。这勋贵重臣之家，险些把帖子和礼物堆满了万全赁居的宅子。因为这老头医德高尚，“视人之子如己之子”，不会拒绝人，这请他去看病的从第一天开始就排到了两个月之后。
朱翊钧见不是头，怕他累着了，连忙派人将他请进宫，又如同菩萨一样供奉在太医院。这太医院的诸位太医见万密斋来了，连争胜的念头都没有，个个扁扁的服，把老爷子哄得日日开心，一点都不水土不服。
让万密斋给两宫太后和自己检查了身体，并上了一堂养生课之后。朱翊钧正式召见万密斋、陈实功等人，将自己的目的和盘托出要趁着此际手头宽裕的机会，重立太祖初期设立的医学提举司，并设立明代第一个真正意义上的大学京师医学院。
按照后世的医学院产学研一体的办学模式，此医学院也仿照南苑武学院建制，首任山长即为万全万密斋。朱翊钧在西苑西北角里面砌了一道宫墙，再把原来的宫墙上开了一个大门，即把已经荒废掉的小校场从西苑割了出去，作为医学院的校址。
同时，朱翊钧还在新砌的宫墙上开了个小门，作为医学院的后门。如此一来，此后他若身体有恙，打开这小门就能立即组织大规模会诊。尽管这可能让太医院的太医们感到心里不太舒服，但已经当了快两年皇帝的朱翊钧，此时哪里能照顾到他们的想法。
医学院的设立，从体制到机制和后世的大学并无不同。在朱翊钧和万密斋等人交流之后，医学院将设立医学系、护理系、药学系等大系，下设内科学、外科学、妇科学、儿科学、传染病学、药学、病理学等专科。
南苑武学院建立时，朝廷尚有些杂音不同，这京师医学院的设立，满朝廷全是称颂之声。朱翊钧在领教了言官的驰名双标之余，当然也要撩闲刺激他们一下，经过与陈实功商量，在医学院内还设立解剖学从事人体解剖研究。
让朱翊钧更没想到的是，这在京师百姓中引出好多版本恐怖故事的新学科，却仍未引起御史、言官得任何反弹。
朱翊钧这才知道，这些所谓“秉正道而行，养浩然之气”的老兄们，在涉及到他们自身生命安全的事情上，驰名双标早已突破了大明朝的天际。